Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam disingkat FSEI didirikan pada tanggal 31 Juli 2013 berdasarkan Surat Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Kementerian Agama Republik Indonesia Nomor 2148 Tahun 2013 tentang Persetujuan Pembukaan Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam pada Universitas Tomakaka Mamuju Sulawesi Barat dan diberikan ijin untuk menyelenggarakan Program Studi Hukum Keluarga Islam (Ahwal Al-Syakhshiyah) dan Program Studi Ekonomi Syariah. Gedung Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam bertempat di Kampus Universitas Tomakaka Jl. Ir. H. Juanda No. 44/77 Kel. Mamunyu Kec. Mamuju Kab. Mamuju Prov. Sulawesi Barat.

Program Studi yang dikelola Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam yaitu Program Studi Hukum Keluarga Islam (Ahwal Al-Syakhshiyah) telah terakreditasi Baik berdasarkan SK BAN-PT Nomor 9799/SK/BAN-PT/Akred/S/VII/2021 dan Program Studi Ekonomi Syariah terakreditasi Baik berdasarkan SK BAN-PT Nomor 9801/SK/BAN-PT/Akred/S/VII/2021. Program Studi tersebut dalam pelaksanaan tridharma perguruan tinggi didukung oleh para dosen dengan latar belakang keilmuan sesuai dengan bidang keahlian program studi serta didukung dengan ketersediaan dan aksesibilitas sarana dan prasarana yang cukup memadai. Gelar bagi lulusan Program Studi Hukum Keluarga Islam (Ahwal Al-Syakhshiyah) yaitu Sarjana Hukum (S.H.) dan Gelar bagi lulusan Program Studi Ekonomi Syariah yaitu Sarjana Ekonomi (S.E.).

Fakultas Syariah dan Ekonomi Islam Universitas Tomakaka tidak hanya berperan dalam menghasilkan tenaga kerja terampil dalam bidang hukum keluarga Islam dan bidang ekonomi syariah, tetapi juga berperan membentuk individu yang memiliki pemahaman mendalam tentang prinsip-prinsip Islam dan bagaimana nilai-nilai tersebut dapat diterapkan dalam konteks modern untuk meningkatkan kualitas kehidupan dan martabat bangsa.